Didirikan pada tanggal 1 Maret 1967 berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat  I  Propinsi Irian Barat Nomor : 48/GIB/1967 tanggal 12 Juli 1967. Pada awal berdirinya SMK Negeri 2 Jayapura memiliki satu  jurusan yaitu jurusan Tata Perusahaan dengan 2 (dua) buah kelas yang menumpang di Gedung SD YPK DOK V Jayapura.

Pada tanggal 8 April 1968 SMEA Negeri 2 Jayapura menempati gedung baru di gedung SMEP Hamadi dan mulia tahun 1984 SMEA Negeri Jayapura secara bertahap menempati gedung baru yang terletak di jalan Kotaraja dalam sampai sekarang.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 036/O/1997 SMEA Negeri Jayapura diganti namanya menjadi SMK Negeri 2 Jayapura.

Saat ini SMK Negeri 2 Jayapura memiliki 4 (empat) Program Keahlian, yaitu Administrasi Perkantoran, Keuangan, Manajemen Pemasaran dan Usaha Jasa Pariwisata. Dengan jumlah tenaga guru tetap 52 orang yang berkualifikasi pendidikan paska sarjana 3 orang, sarjana 35 orang dan sisanya diploma 3. Tenaga administrasi (Tata Usaha) sebanyak 13 orang  dimana tujuh orang telah menyelesaikan pendidikan strata satu sedang sisanya adalah tamatan SLTA.

Pada Tahun pelajarn 2006/2007 jumlah siswa SMK Negeri 2 Jayapura mencapai 1.252 siswa. Perbandingan tenaga guru tetap dengan jumlahsiswa adalah 1 dibanding 25, perbandingan ini akan menjadi 1 dibanding 16 jika dihitung dengan jumlah tenaga guru kontrak sebanyak 7 orang dan guru tidak tetap sebanyak 14 orang.